Kaplica zbudowana została w 1752 roku, na wzgórzu nad Radunią. Powstała  w miejscu gdzie, według tradycji, w 1226 roku zginęły siostry norbertanki z żukowskiego konwentu, zamordowane w wyniku najazdu pogańskich Prusów na klasztor. Powstała jako wyraz pamięci o męczenniczkach oraz dowód na istnienie ich kultu w XVIII - wiecznym Żukowie. Kaplica jest niewielką budowlą, która składa się z korpusu nawowego, ponad którym, od zachodu wznosi się wieża dzwonna, oraz przystawionej od południa zakrysti. Jedyną dekoracją elewacji kaplicy jest umieszczona w ścianie wschodniej figura św. Jana Nepomucena ozdobiona datą powstania świątynki. Wnętrze kaplicy uzyskało skromne wyposażenie na które składał się ołtarz poświęcony jej patronowi oraz obraz przedstawiający zamordowane norbertanki z palmami męczeństwa w dłoniach, otaczające krzyż z ukrzyżowanym Jezusem (obecnie obraz ten znajduje się w kościele pw. Wniebowzięcia NMP, a jego kopia w Muzeum Norbertanek Żukowskich).

Pod koniec XIX wieku teren otaczający kaplicę św. Jana Nepomucena został wykupiony przez parafię pw. Wniebowzięcia NMP w Żukowie i wykorzystany na stworzenie nowego cmentarza parafialnego, a ona sama zyskała funkcję kaplicy cmentarnej. Pełni ją do dziś.